ひとりぼっちで過ごす20歳の誕生日。寂しい大学生ジローの前に、突然キュートな“彼女”が現れる。彼女と過ごした数時間は人生の中で最も輝ける時間となるが、突然彼女は姿を消してしまう。1年後の21歳の誕生日、ジローは再び彼女に出会う。似ているけれどどこか違う、“完璧”な彼女に。しかしそれは、決して起こるはずのなかった、運命を変えてしまう“恋”の始まりだった。

1957年．相棒マックに裏切られ、スパルコ率いるソ連工作員の魔手から危うく逃れたインディ。大学も強制休職となり街を出ようとしていた彼に、マットという若者が声をかけてきた。いわく「伝説の古代秘法“クリスタル・スカル”を手に入れられる」という。その言葉を信じ、インディはマットと共にペルーへと向かう。そこでようやくクリスタル・スカルを手に入れるものの、待ち構えていたスパルコたちに捕らえられてしまい。

ペペンシー兄妹の治めた黄金時代から1300年の歳月が流れたナルニア国。かつて全能なる王アスランに祝福され、生きとし生けるもの全てが幸福に包まれていた魔法の国は、戦闘民族テルマール人に征服され、もはや存在しない。人間たちに迫害され生き残ったナルニアの民は森に逃れ、この暗黒の世界に再び光をもたらす者の出現を待ち続けていた。一方、テルマールの王宮では、亡き王の弟ミラースが、正統な王位継承者カスピアンの暗殺を企てる。

そこはギラティナだけが棲む特殊空間だった。しかし、ディアルガとパルキアの戦いにより、時間と空間が歪み、反転世界は黒い雲に覆いつくされてしまった。怒ったギラティナは、ディアルガを反転世界へ引きずり込もうとする。反転世界で起こった出来事は、現実の世界にも影響を及ぼすため、この戦いを止めないと二つの世界が崩壊してしまう。一方、旅を続けるサトシとピカチュウたちの目の前に、見たことのないポケモンが現れた。それは“花はこび”と呼ばれている、かんしゃポケモンの“シェイミ”だった。