たったひとりで旅を続ける市は、同じ盲目の女がチンピラたちに襲われていても、助けるそぶりすら見せない。そこへ現れたのは、藤平十馬。市にも襲いかかろうとするチンピラたちの前に勢いよく立ちはだかったものの、手が震え、戦うどころか刀を抜くことさえできない。返り討ちにされそうになった瞬間、男たちを斬り殺したのは市。か弱く見える市は、十馬の助けなどいらないくらい強かった。

昭和40年代初期、第一回吉川英治文化賞を受賞したベストセラー「まぼろしの邪馬台国」が発端となり、邪馬台国ブームが沸き起こった。その著者は、島原鉄道の元役員で、「島原の子守唄」の詩作者でも知られる、全盲の文学者・宮崎康平。破天荒な言動、行動を繰り返しながらもどこか憎めない人柄の宮崎。その傍らには、いつも妻・和子がいた。目の見えない康平に魏志倭人伝、日本書紀、古事記などを繰り返して読み聞かせ、立体地図を作って九州各地を旅した。

関東に直下型地震が発生して数週間後、都心の機能は回復しつつあった。しかし、この地震の影響で海水温度が急上昇、それは巨大台風を発生させ、その脅威が臨海副都心に迫っていた。東京消防庁のハイパーレスキュー隊が必死の救助にあたるなか、音波探索機が高潮による水没で壊滅した新橋の地下から「2、5、2（生存者ありの暗号）」の音をキャッチ。ハイパーレスキューの暗号を知っている人間が地下に閉じ込められているのだ…。

「ゲゲゲの鬼太郎さん、私を助けてください……」妖怪ポストに手紙が届いた。差出人は風祭華。最近、彼女の身の回りで怪奇な事件が起こっているのだ。だが鬼太郎たちが到着する直前、華は妖怪・鏡爺によって鏡の中にひきずりこまれてしまった。さらに鏡爺は、ネコ娘たちを全国各地へ吹き飛ばすと、鬼太郎を鏡の世界へ閉じ込めた！なんとか鏡爺を破り、鏡の世界から脱出する鬼太郎。しかしそんな中、遥か太古に閻魔大王が封印したはずのヤトノカミが、甦りはじめる。